Na década de 1980, sementes certificadas para as quatro principais culturas - milho, trigo, soja e sorgo - eram importadas. A Bolívia, especialmente em seu departamento de Santa Cruz, importava 80% de suas sementes no período. Ao longo dos anos, com a entrada de novas empresas nacionais e internacionais de sementes no sistema de certificação, mais de 90% das sementes certificadas para essas culturas são atualmente produzidas internamente.

   A entrada da Bolívia na Associação Internacional de Análise de Sementes (ISTA), no sistema de certificação da Organização para a Cooperação e Desenvolvimento Econômico (OCDE) e na União para a Proteção das Obtenções Vegetais (UPOV) foi um dos principais fatores para o desenvolvimento de novas variedades. Por exemplo, no caso da soja, as cinco variedades foram expandidas para mais de 30 novas variedades desenvolvidas por empresas nacionais e internacionais de sementes. Outro fator importante foi o desenvolvimento de padrões claros de sementes que incentivaram o setor privado a produzir sementes de alta qualidade.

   Até 2017, o uso de sementes certificadas era de 60% a 65%, dependendo da cultura. Com a chegada de organismos geneticamente modificados (a Bolívia possui apenas um organismo geneticamente modificado desregulamentado na soja) para as culturas de milho e soja em países vizinhos, como a Argentina, o Paraguai, estes começaram a ser introduzidos em massa por meio do contrabando de variedades e híbridos de soja com organismos geneticamente modificados, bem como híbridos e variedades não registrados na Bolívia.

   Os agricultores começaram a experimentar para ver quais produziam melhor. Às vezes, justificavam seus baixos rendimentos ou misturas economizando em inseticidas, aplicações etc. Mas não seguiam o protocolo de deixar refúgios no campo, o que lhes ocasionava eliminar gradualmente os insetos benéficos.

   Com o passar dos anos, o contrabando diminuiu, pois as culturas eram cultivadas no país, o que aumentou a oferta dessas sementes ilegais, especialmente de soja. Em relação ao milho, houve um aumento significativo na produção de materiais locais, conhecidos como Betitos (cruzamentos entre dois híbridos de milho geneticamente modificado), produzidas ilegalmente por menonitas no sul do país, Yacuiba, e na região de San Ramón, a nordeste de Santa Cruz.

   Atualmente, de acordo com dados do Instituto Nacional de Inovação Agrícola e Florestal (INIAF) sobre a quantidade de sementes certificadas produzidas em soja, o uso de sementes representa 15% de uma área de 1,4 milhão de hectares, enquanto em milho representa 13% de uma área estimada de 180 mil hectares. No trigo, o uso de sementes certificadas é de 45% e nas culturas de girassol e sorgo é de 100%.

   Existem 26 variedades de soja disponíveis, 15 híbridas e 8 variedades de milho; 11 variedades de trigo; mais de 30 híbridos de sorgo; e mais de 20 hibridos de girassol.
As empresas de sementes encerraram seus programas de sementes de milho, e a produção de soja está em 50%.

   O INIAF, órgão regulador do sistema de sementes, não dispõe de recursos para controlar o comércio ilegal, mas pratica concorrência desleal ao produzir sementes de soja a preços baixos por tonelada, como os serviços prestados por três usinas de beneficiamento de sementes, também a preços baixos (subsidiados).

   Em suma, o sistema de produção de sementes em Santa Cruz, que produz mais de 80% das sementes do país, deixou de ser um dos melhores programas da América do Sul para se tornar um programa fraco. O setor de sementes passa por uma grande crise, especialmente na produção de sementes de soja. No entanto, destacam-se a produção e a exportação de sementes híbridas de milho, sorgo e girassol, tanto para o mercado interno quanto para o externo. Cerca de 50% desses híbridos são exportados.