O primeiro e mais importante passo para um programa de produção de algodão ser bem sucedido é a obtenção de uma população vigorosa e uniforme de plântulas, na densidade desejada. O fracasso na obtenção de um bom estande pode resultar de má preparação do solo para semeadura, baixa temperatura do solo, impedimento mecânico da emergência devido a formação de crostas, umidade do solo excessiva ou deficiente, microorganismos e outras pragas de solo, danos químicos e sementes de baixa qualidade. 

    Entre esses fatores, o uso de sementes de baixa qualidade é provavelmente o mais importante que contribui para a maioria dos insucessos que ocorrem no plantio de algodão. Estas sementes são muito mais suscetíveis a condições adversas no micro-ambiente no solo do que as sementes de boa qualidade, e, geralmente, produzem a população de plântulas desejada somente sob condições relativamente favoráveis, as quais não são freqüentes e são transitórias em muitas áreas de produção de algodão. 

    Muitos fatores afetam a qualidade da semente de algodão. Estes podem ser convenientemente agrupados em duas categorias: fatores de pré-colheita e de colheita e fatores de pós-colheita. 

    A planta de algodão é de hábito indeterminado. A floração começa em certo estágio de desenvolvimento e continua até que o crescimento da planta seja terminado, por temperatura baixa ou seca. A maturação das sementes e abertura dos capulhos segue a mesma seqüência. Capulhos da parte mais inferior do dossel de plantas podem abrirse, expondo a semente ao meio ambiente do campo, o que é chamado de deterioração de campo, muitas semanas antes que aquelas das flores mais tardias das partes superiores do dossel alcancem o estágio de abertura do capulho. 

    Antes da introdução da colheitadeira mecânica de algodão e, mesmo hoje em dia, em áreas de produção não mecanizadas, o algodão era colhido de duas a quatro vezes, durante o longo período de abertura dos capulhos. A chamada deterioração de campo das sementes era, portanto, limitada a algumas semanas. A colheita mecânica, contudo, geralmente significa apenas uma passada da colheitadeira, a qual é retardada até que um desfolhante possa ser aplicado e os capulhos, em sua maioria, estejam completamente abertos. A colheita mecanizada única, portanto, consiste em uma mistura de sementes de algodão expostas à deterioração de campo por períodos que variam desde mais de oito até menos de uma semana. Se as condições durante este longo período no campo forem boas, tais como aquelas que ocorrem nas áreas irrigadas de algodão de “deserto” da Califórnia ou no Mato Grosso, a qualidade das sementes permanece boa. Por outro lado, se durante este período ocorrer chuva, neblina, umidade e temperatura altas, como no estado do Mississippi ou São Paulo, a deterioração a campo das sementes reduz a qualidades das mesmas em proporção à severidade e extensão deste período de exposição à deterioração de campo. 

    As conseqüências da deterioração a campo são redução da densidade das sementes, aumento de ácidos graxos livres, aumento da produção de plântulas anormais e de sementes mortas, redução na germinação e no vigor. A única solução para o problema do envelhecimento a campo e da deterioração é providenciar para que as sementes sejam produzidas em uma região irrigada, com muita luz solar e baixa umidade durante o período de abertura dos capulhos. Quando isto não é possível, necessita-se considerar a possibilidade de realização de mais de uma colheita de sementes, programação da dessecação de forma a minimizar a colheita de sementes imaturas, e verificação da qualidade da semente de algodão colhida antes de decidir se são adequadas para semeadura. 

    Amostras de sementes de algodão devem ser coletadas ao acaso e deslintadas manualmente, com ácido, para uma verificação de qualidade inicial. Os testes para verificação da qualidade incluem determinação do teor de umidade, que deve estar abaixo de 12%; ácidos graxos livres, que deve ser o mais baixo possível, mas não maior do que 1%; a percentagem de sementes imaturas; a incidência de danos mecânicos na colheita; bissecção longitudinal da semente (teste do corte), para observação da cor do embrião, que deve ser amarelo acinzentado e de aparência firme, não marrom e flácido; um teste rápido de tetrazólio em alguns casos; e uma separação com ar para verificação da variação de densidade entre as sementes. 

    Lotes de sementes que satisfazem aos padrões mínimos de qualidade, e parecem apresentar bom potencial para condicionamento, são separados para serem beneficiados como sementes, enquanto aqueles que não satisfazem aos padrões de qualidade e nem os critérios visuais, são encaminhados para moagem para óleo ou outros usos, que não a semeadura. Especialistas experientes em controle de qualidade podem dar estimativas bastante precisas sobre o provável nível de qualidade das sementes após beneficiamento e tratamento, baseados nos resultados obtidos nestes testes rápidos de verificação de qualidade. 

    Algumas das operações de pós-colheita podem ser prejudiciais à qualidade das sementes de algodão, enquanto outras podem aumentá-la. A primeira operação de pós-colheita é a armazenagem da semente de algodão antes do descaroçamento. As sementes armazenadas em reboques ou armazéns podem aquecer se a umidade estiver acima de 10-12% e elas estiverem muito comprimidas. 

    A próxima operação é o descaroçamento. As máquinas modernas de descaroçamento de alta velocidade podem causar muita danificação mecânica nas sementes. O objetivo é reduzir os cortes no tegumento causados pelo mecanismo da máquina ao mínimo possível. 

    O deslintamento ácido da semente de algodão após o descaroçamento pode causar danos. Felizmente, o processo moderno de centrifugação com ácido diluído causa muito menos danos do que os métodos mais antigos de deslintamento úmido com ácido concentrado,  que resultavam em queimadura do embrião com o ácido que penetrava através dos cortes no tegumento causados pelo descaroçamento, e também injúrias causadas pela alta temperatura.

    Quando as sementes são deslintadas e podem ser movimentadas de forma mais fluída, as operações de melhoria de qualidade da semente podem começar. A operação mais eficiente na melhoria da qualidade das sementes de algodão é a classificação por densidade, realizada com o separador por gravidade. Sementes de baixa densidade, deterioradas, severamente danificadas e imaturas são separadas daquelas sementes de alta densidade, maduras, não danificadas, que devem ser de boa qualidade. 

    Deve-se reconhecer, contudo, que a classificação por densidade nem sempre melhora a qualidade. A semente pesada, madura, pode também ser de baixa qualidade. 

    O tratamento químico das sementes é a última operação antes de embalá-las. As sementes de algodão necessitam ser tratadas. Diversos produtos químicos são geralmente aplicados para proteger as sementes contra os microorganismos que causam a podridão das sementes no solo, microorganismos que atacam plântulas, e insetos. As precauções e medidas de segurança para aplicação de tratamentos químicos e as doses prescritas devem ser seguidas rigorosamente. 

    A operação final de pós-colheita é a armazenagem das sementes de boa qualidade em um armazém limpo, protegido contra as intempéries, até sua comercialização. As sementes de algodão armazenam bem, de forma que não deverá haver problemas. 

    A qualidade de lotes de sementes de algodão é determinada por meio dos testes que foram anteriormente mencionados: teor de umidade das sementes, ácidos graxos livres, observação visual do embrião (teste de corte). Pode ser também incluído o teste padrão de germinação. Dois eficientes testes adicionais são extremamente valiosos no sistema de garantia de qualidade e na comercialização: o teste de tetrazólio e os testes de vigor. Muitos analistas experientes têm a maior confiança no teste de tetrazólio. Estes o utilizam não somente para determinar a qualidade com base em sementes individuais, mas também para diagnosticar as causas dos problemas de qualidade, tais como deterioração, aquecimento, danificação mecânica e assim por diante. O teste de tetrazólio é eficiente, rápido e barato. O principal custo é o tempo do analista. O teste leva geralmente de 12 a 16 horas, mas em emergências ele pode ser realizado, com razoável precisão, em cerca de 4 a 5 horas.

    O principal teste de vigor utilizado nos Estados Unidos para sementes de algodão é o teste de germinação sob frio. As sementes são colocadas para germinar em rolos de papel toalha, como para um teste padrão de germinação, porém são incubadas a 18°C constantes ao invés dos 20-30 ou 30°C utilizados no teste de germinação. As plântulas são avaliadas um vez no sétimo dia, e aquelas com hipocótilo-raiz de, no mínimo, 4 cm de comprimento são contadas como plântulas vigorosas. Os resultados do teste são relatados como percentagem de plântulas vigorosas. Alguns especialistas simplesmente usam a primeira contagem do teste de germinação como uma medida de vigor. Mais alta a contagem, maior o vigor. 

    Considerando todos os problemas existentes para a produção de sementes de algodão de boa qualidade, poderíamos ficar pensando como e por que os agricultores produzem algodão. Produtores de algodão são eternos otimistas: eles esperam o melhor, mas se preparam para o pior. O custo das sementes das novas cultivares transgênicas, contudo, está mudando esta visão. Os agricultores estão começando a exigir que as novas sementes apresentem um desempenho tão alto como seu preço. E as empresas terão, de algum jeito, que corresponder a estas expectativas dos produtores.