A agricultura se sujeita às condições ambientais vigentes durante a condução das lavouras. Boa parte do território brasileiro encontra-se nas áreas de baixas latitudes, entre o Equador e o Trópico de Capricórnio, em que predominam os climas quentes e úmidos, dois indicativos nada propícios ao atributo sanitário em sementes de soja. O regime de chuvas varia de acordo com a ação das massas de ar. Sofre ainda influências de fenômenos climáticos naturais (El Niño e La Niña) resultantes de interações entre o oceano e a atmosfera, que alteram padrão de chuvas e temperaturas. Essas realidades conduzem a sérios desafios na produção de sementes. 

   As ações humanas impostas à natureza, causadoras de mudanças, inclusive alterações climáticas, junto com as práticas diversas adotadas no sistema agrícola e expansão de áreas, têm contribuído para o surgimento de expressivo número de doenças causadas por microrganismos, bem como de outras anomalias de causas desconhecidas.

   As bibliografias demonstram que grande número de doenças em soja foram introduzidas por patógenos, via sementes. Alguns alcançaram parte aérea, caule e sistema radicular, com a possibilidade de sobrevivência, por meio de estruturas de resistência ou nos restos culturais no solo, contribuindo, dessa forma, para o estabelecimento e recorrência de doenças.

   Macrophomina phaseolina - Fungo polífago, presente em diversas áreas de cultivo. Produz estruturas de resistência – microescleródios - que permitem sobreviver no solo e nos restos culturais por safras seguidas e em condições adversas. As plantas infectadas apresentam na região do sistema radicular, colo e hastes tecidos com coloração acinzentada, evidenciados em camadas nas quais se percebem minúsculas estruturas arredondadas (microescleródios). A maior incidência do patógeno é registrada em condições de estresse hídrico e em solos compactados. Inicialmente em lavouras infestadas com o fungo, observam-se sintomas em reboleira, com plantas descoloridas e/ou amarelecidas, com perda progressiva da turgescência e como consequência, as folhas murcham e morrem na evolução da doença.

   Fusarium spp. - As espécies do complexo Fusarium sobrevivem no solo e nos restos culturais pela presença de estruturas de resistência, os clamidósporos. Essas espécies, em decorrência da sintomatologia e locais de ocorrência, têm vários nomes: podridão de Fusarium, podridão vermelha da raiz, síndrome da morte súbita, murcha de Fusarium, entre outros. Geralmente aparecem em reboleira, e os sintomas iniciais são mais observados nos estádios reprodutivos, sobretudo no período de enchimento de grãos. É possível constatar nas raízes a presença de macroconídios, esporos típicos do fungo que podem originar as estruturas de resistência, os clamidósporos. Condições adversas de ambiente, aliadas à compactação de solos, favorecem o desenvolvimento de Fusarium spp.

   Rhizoctonia solani – fungo polífago, sobrevive no solo, em restos culturais sob a forma de escleródios e/ou micélio amarronzado. Os principais sintomas se apresentam em reboleiras, com apodrecimento das sementes antes da sua germinação. Quando o tombamento ocorre no pós-emergência, verifica-se estrangulamento na região do hipocótilo das plântulas, evidenciado por lesões encharcadas, deprimidas com coloração de marrom, sendo responsável pelo seu tombamento, que consequentemente prejudicará o estande de plantas. O patógeno ocorre com maior frequência em solos compactados, com problemas de drenagem, culturas antecessoras e hospedeiras e condições climáticas que favoreçam as sementes levarem mais tempo para germinar, possibilitando, assim, maior período para a colonização do fungo.

   Phytophthora sojae – o patógeno sobrevive no solo e nos restos culturais das plantas sob a forma de esporos de resistência, oósporos, presentes nas raízes e nas hastes das plantas infectadas, essas facilmente destacadas das plantas sadias pelo contraste dos sintomas em reboleiras. A ocorrência do fungo está associada a solos compactados, com drenagem comprometida, levando em conta que o patógeno, em condições de umidade do solo, se dissemina pela liberação de esporos móveis (zoósporos), que infectam as raízes. Os sintomas podem estar associados a podridões de sementes, morte de plântulas em pré ou pós-emergência, amarelecimento foliar, murcha e morte das plantas. A intensidade dos sintomas depende, sobretudo, do nível de suscetibilidade da cultivar.

   Sclerotinia sclerotiorum (Mofo Branco) – fungo polífago, se dissemina por meio de sementes contaminadas que podem apresentar a presença de micélio e/ou escleródios e pela utilização de máquinas e equipamentos agrícolas procedentes de lavouras infestadas com o patógeno. Pode infectar qualquer parte da planta; no entanto, os sintomas iniciais do mofo branco são mais evidentes na parte aérea das plantas, a partir do florescimento e enchimento de grãos, nas quais as folhas e hastes podem apresentar encharcamento, secamento e morte das plantas. As maiores incidências do fungo ocorrem em condições de temperatura amena e alta umidade. Nessas condições, acontece a infecção carpogênica, ou seja, os escleródios germinam e originam as estruturas denominadas apotécios, responsáveis pela liberação de esporos (ascósporos), que infectarão as estruturas florais e outras partes das plantas. As infestações das áreas agrícolas do Brasil com Sclerotinia sclerotiorum têm crescido significativamente à cada safra, e estima-se mais de 400 espécies de plantas hospedeiras suscetíveis ao fungo, incluindo plantas cultivadas e daninhas.

   Em se tratando de microrganismos fitopatogênicos, é imprescindível o conhecimento dos agentes causais, da epidemiologia, do estádio de desenvolvimento mais vulnerável da cultura e ainda da reação das cultivares (genética) a cada doença para tomada de decisões visando o controle. Ocorrem variações de ano para ano entre as regiões produtoras e também nas condições climáticas, da época de semeadura, do equilíbrio nutricional do solo etc. Sendo assim, todo o conhecimento torna-se fundamental para definir e adotar tratos culturais mais adequados.